Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Barito Kuala merupakan satu-satunya madrasah tsanawiyah negeri yang berada di Kecamatan Marabahan,  Kabupaten Barito Kuala. MTsN 2 Batola terletak di Jalan Veteran RT 13 Kecamatan Marabahan Kota, Kabupaten Barito Kuala. Proses pendirian madrasah ini diawali dari pendirian Pendidikan Guru Agama (PGA) 4 tahun. Kemudian pada tahun 1978-1979 barulah menjadi madrasah tsanawiyah yang merupakan filial dari MTsN Anjir Muara KM 20 yang sekarang menjadi MTsN 1 Batola.

Pada tanggal 25 Oktober 1993 madrasah tsanawiyah filial di Marabahan mendapat otonomi khusus berupa perubahan status menjadi madrasah negeri yang bernama MTsN Marabahan. Kemudian pada tahun 2016 oleh Kementerian Agama Republik Indonesia MTsN Marabahan berganti nama menjadi MTsN 2 Batola sampai dengan sekarang.

MTsN 2 Batola terdiri dari 2 lokasi yaitu lokasi 1 berdekatan dengan Masjid Agung Al Anwar. Sedangkan lokasi 2 terletak di sebelah TK Perwanida yang merupakan TK binaan dari Kantor Kementerian Agama Kabupaten Barito Kuala. Animo masyarakat yang memercayakan kelangsungan pendidikan anak-anaknya pada Madrasah Tsanawiyah Negeri 2 Barito Kuala sangat besar. Hal itu terlihat dari banyaknya jumlah siswa yang mendafar ke MTsN 2 Barito Kuala setiap tahunnya.

Sejak dinegerikan pada tahun 1993 sampai sekarang telah terjadi tujuh kali pergantian kepala madrasah, yaitu M. Sirajuddin Arifin, M.Ag. (1993-1995), Drs. Gandi Hasan (1995-2005), Drs. Abdul Hadi (2005), M. Anang Aini Noor, S.Pd.I. (2005-2010), Dra. Hj. St. Mauizatul Hasanah, M.Pd.I. (2010-2021), H. Hair, S.Ag., M.Pd. (2021-2024), Drs. H. Suardi, S.Pd.I. (2024-sekarang).